以九寨湖岸交错带生态系统为核心， 围绕生物多样性与水质保护等关键问题，开展了生物多样性、群落与环境等综合调查研究。通过对比研究表明，在旅游人为干扰下， 九寨—黄龙核心景区局部地段耐荫喜湿的乡土物种显著退化，外来物种入侵，耐践踏、耐干旱、繁殖能力强的种群扩大，这直接导致九寨沟核心景区局部地段生物多样性减少， 林下植物群落的生态稳定性减弱，土壤的结构和功能退化，加剧了湖岸土壤退化演替过程，显著削弱了湖岸生态系统的水源涵养与水土保持功能。在综合研究的基础上，项目组提出了九寨—黄龙核心景区生物多样性保护对策，建立了珍稀濒危与外来物种的数据库。

　　通过监测九寨－黄龙核心景区典型森林生态系统内水分传输、运移及转化过程，研究了植被结构及动态对水文过程的影响，建立了基于小流域的分布式水文模型，进行了森林水源涵养功能和效益的监测与评价研究， 为九寨沟—黄龙核心景区森林与水资源保护提供了有价值的科学数据。

　　重建了九寨—黄龙地区气温、降水的历史资料序列，揭示了全球变暖背景下，九寨—黄龙景区气候异常与区域响应的基本特征；从水汽输送、大气降水、蒸发等环节，分析研究了九寨—黄龙景区地表水的变化，提出了欧亚地区中高纬大气环流的异常变化，影响亚洲夏季风的异常，引起偏南风水汽输送减弱，是九寨—黄龙核心景区水资源减少的重要原因之一；通过预测模型，得到了九寨—黄龙景区未来降水、气温的变化趋势。这些工作对于该区域在全球变化背景下的生物多样性保护研究具有重要的参考价值。

　　针对旅游业发展中存在的环境承载力问题，构建了九寨—黄龙核心景区环境容量指标体系。在对生态环境容量的计算中，建立了TP（总磷）容量与游客容量之间的相关关系，并且采用多目标规划测算了九寨—黄龙核心景区的最佳接待能力，提出了九寨—黄龙旅游沟外和沟内分流体系，这对九寨—黄龙核心景区的生态保护和旅游业发展均具有极大的现实意义。该成果作为“九寨—黄龙核心景区水资源及生态地质环境可持续发展综合应用研究”的重要组成部分，获2007年四川省科技进步一等奖。相关成果“九寨沟自然保护区生物多样性研究”同年获四川省科技进步三等奖。