自20世纪70年代以来，生物所一直致力于具有重要科学研究价值和旅游开发价值的自然生态景观的保护，在西南地区先后完成了20余处国家和省级自然保护区的本底调查、规划设计、保护策略与生态监测与管理等方面的研究工作。在1978年8月正式提出了建立九寨沟等一批自然保护区的建议，同年获得国务院的批准。由于该地区在促进人与自然协调发展方面所具有的高度代表性，被UNESCO列为世界自然遗产地和“人与生物圈保护区”。

　　在对青藏高原东部—川西北地区土地资源调查基础上，出版了《川西北国土综合开发规划研究》 专著，书中再次规划了若尔盖辖曼、康定贡嘎山、稻城亚丁等一批自然保护区，目前已经全部建设成为国家和省级自然保护区。

　　自20世纪90年代以来，相继完成了四姑娘山国家自然保护区、稻城县亚丁自然保护区、都江堰龙溪—虹口自然保护区、茂县宝顶沟大熊猫自然保护区、彭州市白水河保护区和广元市米苍山自然保护区本底调查与总体规划。

　　2002年，提出了建立“岷山土地岭大熊猫生命走廊”和“岷山土地岭大熊猫走廊带的恢复试验示范”的建议，得到国家主管部门和世界自然基金会（WWF）、保护国际（CI）等国际环保组织的一致认同。该项目现已纳入四川省林业厅“十一五”林业发展规划，得到国家林业局和世界自然基金会（WWF）的支持，并于2007年5月正式启动。5·12汶川大地震后，生物所及时提出“保护大熊猫栖息地的建议”，获得温家宝总理批示。

　　在生态旅游的理论研究与实践应用方面开展了大量的研究工作，承担了“九五”国家科技攻关项目重点课题“川西生态旅游资源的开发利用与保护”研究；“十五”四川省重点攻关课题“威尔逊之路生态旅游资源的开发利用与保护”。出版的 《生态旅游与可持续发展》，获2004年四川省哲学社会科学三等奖。2004年，生物所提出了打造“沿威尔逊之路，重返西部花园”入境生态旅游产品的建议，被四川、重庆、湖北等相关部门采纳，并受到了国内外媒体的持续关注。